1983年	新潟大学教育学部卒業
1989年	東京都立大学大学院理学研究科博士課程生物学専攻修了（理学博士）
1989年	通商産業省工業技術院公害資源研究所研究員
1992年	通商産業省工業技術院資源環境技術総合研究所主任研究官
1994-1995年	ドイツ　マックスプランク海洋微生物学研究所客員研究員（科学技術庁在外研究員制度）
1998年	通商産業省工業技術院エネルギー技術開発課及び技術評価課併任（地球環境技術開発官付）
1998年	東京都立大学大学院理学研究科助教授（生物学教室）
2004年−	北海道大学低温科学研究所教授
2006-2007年	第47次南極地域観測隊夏隊員
2009-2011年	低温科学研究所副所長
2014年−	低温科学研究所副所長
2014年−	日本学術会議連携会員（第23・24期）

寒冷圏における物質循環にかかわる微生物の生理生態学。極限環境における微生物生態学。有害化学物質（特に、原油に含まれる炭化水素）の微生物分解と環境浄化。

・日本微生物生態学会
・日本生態学会
・日本陸水学会
・日本水環境学会
・国際微生物生態学会（ISME）

1. Kojima,H., Ogura,Y., Yamamoto,N., Togashi,T., Mori,H., Watanabe,T., Nemoto,F., Kurokawa,K., Hayashi,T., and Fukui,M. Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence. ISME Journal : in press.
2. Kojima,H., Tokizawa,R., Kogure,K., Kobayashi,Y., Itoh,M., Shiah,F-K., Okuda,N. and Fukui,M. Community structure of planktonic methane-oxidizing bacteria in a subtropical reservoir characterized by dominance of phylotype closely related to nitrite reducer. Scientific Reports 4: 5728. DOI: 10.1038/srep05728.
3. Watanabe,T., Kojima,H., and Fukui,M. Complete genomes of freshwater sulfur oxidizers Sulfuricella denitrificans skB26 and Sulfuritalea hydrogenivorans sk43H: Genetic insights into the sulfur oxidation pathway of betaproteobacteria. Systematic and Applied Microbiology 37:387-395.2014.
4. 福井　学. 高山の微生物（p209-209）; 雪の微生物（p210）; 氷河の微生物（p211−212）.「環境と微生物の事典」（日本微生物生態学会編）pp432.朝倉書店.2014.
5. 福井　学. アカシボ（p5-6）.「新版雪氷辞典」（日本雪氷学会編）pp307.古今書院.2014.
6. Watanabe,T., Kojima,H., Takano, Y. and Fukui,M. Diversity of sulfur-cycle prokaryotes in freshwater lake sediments investigated using aprA as functional marker gene. Systematic and Applied Microbiology 36: 436-443.2013.
7. Fujii,M., Kojima,H., Iwata,T., Urabe,J. and Fukui,M. Dissolved organic carbon as major environmental factor affecting bacterioplankton communities in mountain lakes of eastern Japan. Microbial Ecology 63: 496-508.2012.
8. Kojima,H., Tsutsumi,M., Ishikawa,K., Iwata,T., Mussmann,M. and Fukui, M. Distribution of putative denitrifying methane oxidizing bacteria in sediment of a freshwater lake, Lake Biwa. Systematic and Applied Microbiology 35: 233-238.2012.
9. Watanabe,T., Kojima,H. and Fukui,M. Draft genome sequence of a psychrotolerant sulfur-oxidizing bacterium Sulfuricella denitrificans skB26 and proteomic insights into cold adaptation. Applied and Environmental Microbiology 78: 6545-6549.2012.
10. Higashioka, Y., Kojima, H. and Fukui,M. Temperature-dependent differences in community structure of bacteria involved in degradation of petroleum hydrocarbons under sulfate-reducing conditions. Journal of Applied Microbiology　110: 314-322. 2011.
11. Fujii,M., Takano,Y., Kojima,H., Hoshino,T., Tanaka,R. and Fukui,M. Microbial community structure, pigment composition, and nitrogen source of red snow in Antarctica. Microbial Ecology 59: 466-4775.2010.
12. Kamono,A., Kojima,H., Matsumoto,J., Kawamura,K. and Fukui,M. Airborne Myxomycete spore: Detection using molecular techniques. Naturwissenschaften　96: 147-151.2009.
13. 福井　学. 化石燃料による環境汚染と微生物生態系の応答.分子でよむ環境汚染（鈴木聡編著）.188-199.東海大学出版会. 2009.
14. Koizumi, Y., Kojima,H., Oguri,K., Kitazato,H. and Fukui,M. Vertical and temporal shifts of microbial communities in the water column and sediment of saline meromictic Lake Kaiike (Japan), as determined by a 16S rDNA-based analysis, and related to physicochemical gradients. Environmental Microbiology 4: 622-637. 2004.
15. Fukui,M., Teske,A., Assmus,B., Muyzer,G. and Widdel,F. Physiology, phylogenetic relationships, and ecology of filamentous sulfate-reducing bacteria (genus Desulfonema). Archives of Microbiology 172: 193-203. 1999.

1．研究分野：微生物タンパク質構造学
2．研究プロジェクト
　1）寒冷圏における嫌気的メタン酸化過程の解明
　2）メタン生成菌のエンルギー代謝
　3）JST-CRESTプロジェクト「合成生物学によるメタン酸化触媒の創製」（研究領域「多様な天然炭素資源の活用に資する革新的触媒と創出技術」, 2015年12月より2021年3月）

1. Shima, S.*, Chen, D., Xu, T., Wodrich, M.D., Fujishiro, T., Schultz, K.M., Kahnt, J., Ataka, K. & Hu, X.* (2015) Reconstitution of [Fe]-hydrogenase using model complexes. Nature Chemistry 7, 995–1002.（水素ガスを生産または分解する半合成型鉄ヒドロゲナーゼ酵素の創出に成功、科学技術振興機構からプレスリリースhttp://www.jst.go.jp/pr/info/info1141/）（*責任著者）
2. Fujishiro, T., Kahnt, J., Ermler, U. & Shima, S.* (2015) Protein-pyridinol thioester precursor for biosynthesis of the organometallic acyl-iron ligand in [Fe]-hydrogenase cofactor, Nature Communications 6: 6895, doi:10.1038/ncomms7895.（メタン生成代謝に含まれる鉄ヒドロゲナーゼ補因子の生合成中間体を発見）
3. Kojima, H., Moll, J., Kahnt, J., Fukui, M. & Shima, S.* (2014) A reversed genetic approach reveals the coenzyme specificity and other catalytic properties of three enzymes putatively involved in anaerobic oxidation of methane with sulfate. Environmental Microbiology 16: 3431–3442. （北海道大学低温科学研究所との共同研究、嫌気性メタン資化性古細菌のメタン代謝酵素の性質を解明）
4. Fujishiro, T., Tamura, H., Schick, M., Kahnt, J., Xie, X., Ermler, U. & Shima, S.* (2013) Identification of the HcgB enzyme in [Fe]-hydrogenase-cofactor biosynthesis. Angewandte Chemie International Edition 52, 12555 –12558. (掲載号の内裏表紙にハイライトされた)（構造ゲノム学手法で鉄ヒドロゲナーゼの補因子の生合成タンパク質HcgBの機能を解明）
5. Tamura, H., Salomone-Stagni, M., Fujishiro, T., Warkentin, E., Meyer-Klaucke, W., Ermler, U. & Shima, S.* (2013) Crystal structures of [Fe]-hydrogenase in complex with inhibitory isocyanides: implications for H2-activation site. Angewandte Chemie International Edition 52, 9656 –9659. (掲載号のホットペーパーに選ばれ、コミュニケーションの表紙にハイライトされた。科学技術振興機構からプレスリリース http://www.jst.go.jp/pr/info/info992/) （鉄ヒドロゲナーゼの触媒機構を提案）
6. Schick, M., Xie, X., Ataka, K., Kahnt, J., Linne, U. & Shima, S.* (2012) Biosynthesis of the iron-guanylylpyridinol cofactor of [Fe]-hydrogenase in methanogenic archaea as elucidated by stable-isotope labeling. Journal of the American Chemical Society 134, 3271−3280.（安定同位体の菌体への取り込みから、鉄ヒドロゲナーゼ補因子の生合成経路を提案）
7. Shima, S.*, Krueger, M., Weinert, T. Demmer, U., Kahnt, J., Thauer, R.K. & Ermler, U.* (2012) Structure of a methyl-coenzyme M reductase from Black Sea mats that oxidize methane anaerobically. Nature 481, 98–101. (Faculty of 1000に選ばれた。科学技術振興機構からプレスリリースhttp://www.jst.go.jp/pr/info/info848/)（黒海微生物マットから直接抽出精製したメチル補酵素M還元酵素の結晶構造を解明）
8. Basen, M., Krüger, M., Milucka, J., Kuever, J., Kahnt, J., Grundmann, O., Meyerdierks, A., Widdel, F. & Shima, S.* (2011) Bacterial enzymes for dissimilatory sulfate reduction in a marine microbial mat (Black Sea) mediating anaerobic oxidation of methane. Environmental Microbiology 13, 1370–1379.（嫌気メタン酸化に関わる複数の硫酸還元酵素を黒海微生物マットから精製して性質を解明）
9. Shima, S.*, Pilak O., Vogt, S., Schick, M., Stagni, M.S., Meyer-Klaucke, W., Warkentin, E., Thauer, R.K., & Ermler, U.* (2008) The crystal structure of [Fe]-hydrogenase reveals the geometry of the active site. Science 321, 572−575. (掲載号のPerspectiveおよびNature news (doi:10.1038/news.2008.972) に解説記事が掲載された。Faculty of 1000に選ばれた。2015年8月4日までに223回引用され、Highly cited Paper としてWeb of Scienceでハイライトされた)（メタン生成菌でH2の活性化を触媒する鉄ヒドロゲナーゼの結晶構造を解明）
10. Krüger, M., Meyerdierks, A., Glöckner, F.O., Amann, R., Widdel, F.*, Kube, M., Reinhardt, R., Kahnt, J., Böcher, R., Thauer, R.K.* & Shima, S. (2003) A conspicuous nickel protein in microbial mats that oxidize methane anaerobically. Nature 426, 878−881.（Faculty of 1000に選ばれた。2015年8月4日までに177回引用された。）（嫌気メタン酸化を行う黒海微生物マットに大量のメチル補酵素M還元酵素（MCR）を発見、MCRが嫌気メタン酸化を触媒する証拠として提案。）
11. Ermler, U.*, Grabarse, W., Shima, S., Goubeaud, M. & Thauer, R.K. (1997) Crystal structure of methyl-coenzyme M reductase: the key enzyme of biological methane formation. Science 278, 1457−1462.（掲載号のPerspectiveおよびNature 390: 443-444のNews and Views に解説記事が掲載された。2015年8月4日までに285回引用された。）（メタン生成菌でメタン生成反応を触媒するメチル補酵素M還元酵素の結晶構造を解明）

1. 嶋 盛吾 (2015) 無酸素下でのエネルギー代謝: メタン生成の酵素化学. 化学と工業, 68, 706-708.
2. 嶋 盛吾 (2014) メタン生成と嫌気メタン酸化の酵素化学. 化学と生物, 52, 307−312.
3. 嶋 盛吾 (2014) 無酸素下における生命: メタン生成菌の代謝と酵素. 日本化学会編. 極限環境の生体分子. 化学同人.
4. 嶋 盛吾, ウルリッヒ エルムラー (2012) 嫌気的メタン酸化を行う黒海微生物マットのメチル補酵素M還元酵素: 環境サンプルの生化学と結晶構造解析. 微生物生態学会誌, 27, 55−62.
5. Shima, S. & Ermler U. (2011) Structure and function of [Fe]-hydrogenase and its iron-guanylylpyridinol (FeGP) cofactor. Eur. J. Inorg. Chem. 2011, 963−972.
6. Thauer, R.K., Kaster, A.-K., Goenrich, M., Schick, M., Hiromoto, T. & Shima, S. (2010) Hydrogenases from methanogenic archaea, nickel, a novel cofactor and H2-storage. Ann. Rev. Biochem. 79: 507–536.
7. Shima, S. & Thauer, R.K. (2007) A third type of hydrogenase catalyzing H2 activation. Chem. Rec. 7, 37−46.
8. Thauer R.K. & Shima, S. (2006) Methane and microbes. Nature 440: 878−879.
9. 嶋 盛吾, ルドルフ K. タウアー (2006) Archaeaによる嫌気メタン酸化: 生化学手法による取り組み. バイオサイエンスとインダストリー, 64, 23−26.
10. Shima, S. & Thauer, R.K. (2005) Methyl-coenzyme M reductase (MCR) and the anaerobic oxidation of methane (AOM) in methanotrophic archaea. Curr. Opin. Microbiol. 8, 643−648.
11. Shima, S., Warkentin, E., Thauer, R.K. & Ermler, U. (2002) Structure and function of enzymes involved in the methanogenic pathway utilizing carbon dioxide and molecular hydrogen. J. Biosci. Bioeng. 93, 519−530.
12. 嶋 盛吾 (2002) メタン生成菌のエネルギー代謝, pp. 325-333. 微生物利用の大展開 (今中忠行監修). NTS.
13. 嶋 盛吾 (1998) 生物によるメタン生成の機構: メチル補酵素Mレダクターゼの構造と機能. タンパク質核酸酵素43, 1461−1467.

（１）外的撹乱に対して『土壌微生物生態系は強靱で安定している』と言われている。抵抗性、復元力、機能重複性を安定性指標として、短期高温撹乱と長期低温撹乱を起こした森林土壌の微生物生態系の維持機構を明らかにしている。

（２）モデル土壌細菌を用いた土壌in situ プロテオミクスを主体とする解析より、(i)生来の生息場所である土壌環境中での代謝・生理状態を知ること、(ii)遺伝子発現動態から細菌を取り巻くミクロな環境を推測することから、細菌の生態解明や未知遺伝子の機能解析を行っている。

（３）土壌環境中の微生物群集の機能を明らかにするための土壌メタプロテオーム解析の汎用的手法の確立を目指している。

・日本微生物生態学会
・日本ゲノム微生物学会
・日本農芸化学会

1. Morimoto,H., Kuwano,M., and Kasahara, Y. Gene expression profiling of Pseudomonas putida F1 after exposure to aromatic hydrocarbon in soil by using proteome analysis. Archives of Microbiology 195: 805–813. 2013.
2. Kasahara, Y., Morimoto,H., Kuwano,M. and Kadoya, R. Genome-wide analytical approaches using semi-quantitative expression proteomics for aromatic hydrocarbon metabolism in Pseudomonas putida F1. Journal of Microbiological Methods 91: 434–442. 2012.
3. Shimano, S., Sanbe,M. and Kasahara, Y. Application of a nested PCR-DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) method for the analysis ciliate communities in soils. Microbes and Environments 27: 136–141. 2012.

寒冷圏における物質循環にかかわる微生物の生理生態学。新規微生物の単離・培養、環境微生物のゲノミクスおよびプロテオミクス。

1. Kojima,H., Ogura,Y., Yamamoto,N., Togashi,T., Mori,H., Watanabe,T., Nemoto,F., Kurokawa,K., Hayashi,T., and Fukui,M. Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence. The ISME Journal : in press.
2. Kojima,H., Tokizawa,R., Kogure,K., Kobayashi,Y., Itoh,M., Shiah,F-K., Okuda,N. and Fukui,M. Community structure of planktonic methane-oxidizing bacteria in a subtropical reservoir characterized by dominance of phylotype closely related to nitrite reducer. Scientific Reports 4: 5728. DOI: 10.1038/srep05728.
3. Kojima,H., Watanabe,T., Iwata,T. and Fukui,M. Identification of major planktonic sulfur oxidizers in stratified freshwater lake. PLoS ONE : e93877. 2014.
4. Watanabe,T., Kojima,H., and Fukui,M. Complete genomes of freshwater sulfur oxidizers Sulfuricella denitrificans skB26 and Sulfuritalea hydrogenivorans sk43H: Genetic insights into the sulfur oxidation pathway of betaproteobacteria. Systematic and Applied Microbiology 37:387-395.2014.
5. Kojima,H., Tsutsumi,M., Ishikawa,K., Iwata,T., Mussmann,M. and Fukui, M. Distribution of putative denitrifying methane oxidizing bacteria in sediment of a freshwater lake, Lake Biwa. Systematic and Applied Microbiology 35: 233-238.2012.
6. Kojima,H. and Fukui, M. Sulfuritalea hydrogenivorans gen. nov., sp. nov., a novel facultative autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 61: 1651-1655. 2011.
7. 小島久弥・広瀬 大.微生物生態学における分子生物学的手法．微生物の生態学 (日本生態学会編). 16-18. 共立出版 2011.
8. Kojima,H. and Fukui,M. Sulfuricella denitrificans gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60:2862-2866. 2010.
9. Kojima,H., Iwata,T. and Fukui,M. DNA-based analysis of planktonic methanotrophs in a stratified lake. Freshwater Biology 54: 1501-1509.2009.
10. Kojima,H., Fukuhara,H. and Fukui,M. Community structure of microorganisms asssociated with reddish-brown iron-rich snow. Systematic and Applied Microbiology 32: 429-437. 2009.
11. Kojima,H. Yoshikazu Koizumi and Manabu Fukui. Community structure of bacteria associated with sheaths of freshwater and brackish Thioploca species. Microbial Ecology 52: 765-73. 2006.
12. Kojima,H., Nakajima,T. and Fukui,M. Carbon source utilization and accumulation of respiration-related substances by freshwater Thioploca species. FEMS Microbiology Ecology 59:23-31. 2007.
13. Kojima,H., Koizumi,Y. and Fukui,M. Community structure of bacteria associated with sheaths of feshwater and brackish Thioploca species. Microbial Ecology 52: 756-773. 2006.
14. Kojima,H., Teske,A. and M Fukui,M.. Morphological and phylogenetic characterizations of freshwater Thioploca species from Lake Biwa, Japan and Lake Constance, Germany. Applied and Environmental Microbiology 69: 390-398. 2003.

2006	B.Sc. Haverford College, Haverford, USA (Major: Molecular and Cellular Biology, Minor: Cultural Anthropology)
2011	Dr. rer. nat. (German Ph.D.), Institute of Plant Biology and Biotechnology, University of Münster, Germany
2011-2013	USDA NIFA Postdoctoral Fellow at Department of Plant Biology, Carnegie Institution for Science, Stanford, USA
2014-2015	Postdoctoral Researcher at Hokkaido University School of Agriculture and at AIST, Hokkaido Center
2015-	Assistant Professor at Institute of Low Temperature Science, Hokkaido University

Meta-Omics analyses of environmental microbial communities, interspecies interactions, isolation and physiological characterization of novel microbial species.

研究テーマに興味のある方、ご連絡ください。ディスカッション大歓迎です。特に学生の方で研究室に興味のある方や英語での研究討論及び発表を勉強中の方など、是非ご連絡ください！
I am always open for discussion, please feel free to contact me! I especially encourage students to get in touch if they are interested in my research, joining the lab or even for improving science communication in English.

1. Terashima, M., Freeman, L., Jinkerson, R. and Jonikas, M. A fluorescence-activated cell sorting-based strategy for rapid isolation of high-lipid Chlamydomonas mutants. Plant J., 81(1):147-59. doi: 10. 1111/tpj.12682. 2015.
2. Trompelt, K., Steinbeck, J., Terashima, M. and Hippler, M. A new approach for the comparative analysis of multiprotein complexes based on 15N metabolic labeling and quantitative mass spectrometry. J Vis Exp, 85. doi: 10.3791/51103. 2014.
3. Terashima, M., Petroutsos, D., Hüdig, M., Tolstygina, I., Trompelt, K., Gäbelein, P., Fufezan, C., Kudla, J., Weinl, S., Finazzi, G., and Hippler, M. Calcium-dependent regulation of cyclic photosynthetic electron transfer by CAS, ANR1 and PGRL1 complex. Proc Natl Acad Sci U S A., 110(8):3198. 2012.
4. Terashima, M., Specht, M., and Hippler, M. The chloroplast proteome: a survey from the Chlamydomonas reinhardtii perspective with a focus on distinctive features. Curr Genet, 57(3):151-68. 2011.
5. Specht, M., Stanke, M., Terashima, M., Naumann-Busch, B., Janssen, I., Höhner, R., Hom, E.F., Liang, C., and Hippler, M. Concerted action of the new Genomic Peptide Finder and AUGUSTUS allows for automated proteogenomic annotation of the Chlamydomonas reinhardtii genome. Proteomics, 11(9):1814-23. 2011.
6. Terashima, M., Specht, M., Naumann, B. and Hippler, M. Characterizing the anaerobic response of Chlamydomonas reinhardtii by quantitative proteomics. Mol Cell Proteomics, 9(7):1514-32. 2010.

1998年	京都大学理学部卒業
2003年	京都大学大学院理学研究科化学専攻修了 博士（理学）
2003年	姫路工業大学大学院生命理学研究科 博士研究員
2003年	ドイツ マックスプランク生物無機化学研究所 ポスドク
2006年	ドイツ マックスプランク生物無機化学研究所 シニアリサーチャー
2011年	ドイツ マックスプランク生物無機化学研究所 グループリーダー
2012年	ドイツ マックスプランク化学エネルギー変換研究所 グループリーダー
2017年	北海道大学低温科学研究所 特任准教授

金属タンパク質の構造生物学。X線結晶構造解析や様々な分光学の手法を用いて金属タンパク質の活性中心の構造を明らかにし反応機構の解明を目指している。

1. He, C.*, Ogata, H., Lubitz, W.* (2016) Elucidation of the heme active site electronic structure affecting the unprecedented nitrite dismutase activity of the ferriheme b proteins, the nitrophorins. Chemical Science, 7, 5332-5340.
2. Ogata, H., Krämer, T., Wang, H., Schilter, D., Pelmenschikov, V., van Gastel, M., Neese, F., Rauchfuss, T.B., Gee, L.B., Scott, A.D., Yoda, Y., Tanaka, Y., Lubitz, W., Cramer, S.P.* (2015) Hydride bridge in [NiFe]-hydrogenase observed by nuclear resonance vibrational spectroscopy. Nature Communications, 6:7890. doi:10.1038/ncomms8890.
3. Ogata, H.*, Nishikawa, K., Lubitz, W.* (2015) Hydrogens detected by subatomic resolution protein crystallography in a [NiFe] hydrogenase. Nature, 520, 571-574.
4. He, C., Fuchs, M.R., Ogata, H.*, and Knipp, M.* (2012) Guanidine–Ferroheme Coordination in the Mutant Protein Nitrophorin 4(130R). Angewandte Chemie International Edition, 51, 4470-4473.
5. Ogata, H.*, Kellers, P., Lubitz, W.* (2010) The crystal structure of the [NiFe] hydrogenase from photosynthetic bacterium, Allochromatium vinosum: Characterization of the oxidized enzyme (Ni-A state). Journal of Molecular Biology, 402, 428-444.
6. Cox, N.*, Ogata, H., Stolle, P., Reijerse, E., Auling, G., Lubitz, W.* (2010) A Tyrosyl Dimanganese Coupled Spin System is the Native Metalloradical Cofactor of the R2F Subunit of the Ribonucleotide Reductase of Corynebacterium ammoniagenes. Journal of the American Chemical Society, 132, 11197-11213.

1. Ogata, H.*, Lubitz, W., Higuchi, Y.* (2016) Structure and function of [NiFe] hydrogenases. The Journal of Biochemistry, 160, 251-258.
2. 緒方英明* (2015) ヒドロゲナーゼの超高分解能X線結晶構造解析. 日本結晶学会誌, 57, 344-349.
3. Lubitz, W.*, Ogata, H., Rüdiger, O., Reijerse, E. (2014) Hydrogenases. Chemical Reviews, 114, 4081-4148.